企业在昆山市申请办理食品经营许可证的时候的办理过程如下：
 1、前期需花费足够的时间整理好相关申请资料；
 2、准备好资料后在网上或者到窗口提交申请；
 3、在网上或窗口申请通过之后，相关部门会组织人员开展经营场所现场核查；
 4、现场审查完毕之后会出具审核意见，将有关信息和材料报送审核环节；
 5、规定工作日后作出审批结论，审批合格的，作出同意核发《食品经营许可证》的结论；审批不通过的，作出不予许可的结论；
 6、根据审批意见或结论，生成相应的文书：经审批合格的，生成《食品经营许可证》；审批不通过的，生成《不予食品经营许可决定书》。
 7、结果公示，许可机关自作出审批决定之日起同步在网上公示许可信息。
 8、结果送达，申报人按约定的方式通过服务窗口领取办理结果文书。
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