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菌肥与复合肥使用时的话，一般菌肥是做基肥使用，而对于复合肥应该作为追肥使用，如果一起使用的话菌肥应开沟深施于沟底，然后在其上面覆盖土进行填压，再施适量的复合肥埋土填平即可，施后15天内尽量不要灌水，以免复合肥中氮肥分解降低生物菌的活性而影响生物菌剂的作用。

一般情况下，菌肥和复合肥这两种在一起配合使用的话效果是比较好的，这样搭配的话可以平衡养分、促进根系合理吸收的保障。至于说复合肥的无机盐离子会影响菌肥里微生物的活性问题，只要是正规厂家生产的合格产品，并且在使用上按照推荐用量使用，微生物的活性问题就不用担心。

复合肥和菌肥混合使用的话，可以给作物营造良好稳定的吸收空间，不会导致出现“光长个头不拉宽”的旺长现象，而且能够保蓄养分，减少散失，提高肥效，从而改良土壤结构。
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